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在初步审查或者实质审查程序中，审查员发现申请存在明显缺陷、格式缺陷或者实质性缺陷，会用补正通知书或者审查意见通知书的形式，通知申请人在指定时间内 对申请进行修改、补正，或者对审查员指出的缺陷陈述意见。申请人对此必须答复，无正当理由不答复的，申请将被撤回。因此，代理人应在征求申请人意见的基础 上对《审查意见通知书》提出的问题作出答复：
(1)遵守答复期限：代理人应注意通知书中审查员指定的期限，并以通知书右上角审批机关发文日期，推算出答复的最后期限。代理人(申请人)在规定期限内不能答复的，应当在期限届满前，请求延长期限，并提交延长期限请求书一式两份。
(2)针对通知书全部内容，逐条进行答复。因为漏答某一条审查意见的，可能被视为未按期答复，导致该申请被视为撤回。答复可以同意审查员的意见，按审查意见办理补正或者对申请进行修改;也可以不同意审查员的意见，并陈述申请人的意见和理由。
(3)答复应当使用审批机关统一制定的意见陈述书格式。除个别文字的增、删或修改可以直接在意见陈述书中说明;修改内容较多时，除在意见陈述书中说明外，应当按《实施细则》第四十一条的规定提交规定格式的替换页。
(4)对申请文件的修改在实质内容上不能超出原说明书记载的范围，否则按《实施细则》第四十二条第三款的规定，申请将被驳回。
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